Plan terapii opiera się na ustalonym rozpoznaniu, konceptualizacji, zasobach i możliwościach jej uczestników i otoczenia oraz specyfiki warunków środowiska np. sytuacji społecznej, ekonomicznej. Do utworzenia planu terapii wykorzystujemy dwa sposoby: oparty na konceptualizacji w przypadku problemów złożonych oraz oparty na diagnozie nozologicznej (także uwzględniający konceptualizację) uwzględniający wystandaryzowane protokoły terapeutyczne. Te protokoły obejmują spotkania indywidualne z dzieckiem, spotkania z rodzicami i dzieckiem oraz czasami interwencje szkolne – niektóre mają charakter indywidualny, a niektóre grupowy.
Konceptualizacja – sposób opisu problemu obejmujący jego przyczyny, mechanizm i czynniki podtrzymujące. W terapii poznawczo – behawioralnej oznacza to opisywanie zachowań dziecka, jego otoczenia i okoliczności, w jakich się one pojawiają. Obejmuje także zrozumienie myśli, emocji i przekonań. Mechanizmy te wywołują problemowe sytuacje i jeżeli te wielokrotnie się powtarzają, to tworzą obraz zaburzenia.
Protokoły terapeutyczne – to opracowane do najczęściej doświadczanych w danym zaburzeniu problemów schematy leczenia zawierające opracowane modele rozumienia problemu, gotowe ćwiczenia i zadania przygotowane i podane w odpowiedniej kolejności. Skuteczność działania protokołu jest potwierdzona badaniami .
Diagnoza nozologiczna – przypisywanie określonych objawów do określonej jasno zdefiniowanej jednostki w klasyfikacji chorób ICD (skala Światowej Organizacji Zdrowia WHO) lub DSM (klasyfikacja Amerykańskiego Towarzystwa Psychiatrycznego – APA) – każde zaburzenie ma swój wyjątkowy unikalny kod.