Cele terapii to wspólnie ustalane z dzieckiem i rodzicami wyznaczniki, które wskazują zachodzącą zmianę. Takim celem może być np. dla dziecka, które boi psów- przejście obok psa; dla dziecka, które się martwi – zmniejszenie ilości godzin poświęconych martwieniu się, a dla dziecka z depresją – poprawa nastroju.
Dla rodziców to cele np. związane ze stosowaniem pochwał lub zmianą w komunikacji z dzieckiem. Cele wyznaczane są na początku terapii. Terapeuta pomaga ustalić cele proste, łatwo weryfikowalne.
Na początku terapii muszą być jednak uwzględnione przede wszystkim cele związane z bezpieczeństwem i ze zdrowiem (myśli samobójcze, agresja, współpraca podczas leczenia).